Según el informe final “Establecimiento de las condiciones necesarias para el tratamiento y disposición de desechos generados por actividades de acuicultura”. En el cultivo de moluscos del total de 64 residuos declarados, el 7,81 % se recicla o reutiliza, 87,5% se lleva a relleno sanitario y el 4,69% se dispone de otra manera.
En la industria mitilicultora, existen variadas empresas suscritas a normas de certificación en el ámbito de calidad y medio ambiente, sin embargo, existe un gran número de empresas y sindicatos de pescadores artesanales que no tienen un mayor control de gestión de los residuos generados en la actividad productiva.
Algunas de las preocupaciones de la industria en esta región y específicamente en la isla de Chiloé, es que los vertederos se encuentran
colapsados, por lo tanto, existen empresas que deben enviar sus residuos a otras localidades para dar cumplimiento a sus obligaciones ambientales. Por otro lado, aún existen cultivadores que ocupan flotadores de poliestireno expandido (plumavit) no recubiertos para sus líneas de cultivo, lo cual ha generado un impacto ambiental y paisajístico. Sin embargo, aunque el número de productores que usan este tipo de flotadores es reducido, el impacto mediático ha sido importante.
Actualmente, se encuentra en etapa de inicio el proyecto “Segundo Acuerdo de Producción Limpia para la Sostenibilidad del Sector Mitilicultor de la región de Los Lagos”, desarrollado por la Asociación de Mitilicultores de Chile (AmiChile), el cual incluye una decena de objetivos en que los empresarios ligados a la actividad deberán comprometer sus esfuerzos. Entre los objetivos que incluye la propuesta de APL, se encuentra la implementación de un programa regional de reducción de gases de efecto invernadero. Con esta iniciativa se espera poder abordar una de las mayores problemáticas del sector.