Dentro del procedimiento de mejoramiento genético, se incluyen las «organizaciones de prueba», las cuales son pisciculturas comerciales que
colaboran al programa cultivando grupos de progenie para la verificación de su comportamiento en diferentes condiciones ambientales y así verificar si se producen cambios en el ordenamiento de estos grupos. Si este ordenamiento se mantiene la selección llevada a cabo dentro del programa es efectiva en todos los ambientes.

En el mejoramiento genético de salmón, se utilizan diversas técnicas de marcaje y lectura para identificar y seguir a los peces individuales, recopilar datos y seleccionar aquellos con características deseables para la reproducción. Algunas de las técnicas comúnmente utilizadas incluyen: marcas visuales en las aletas, para identificar y realizar seguimiento individual a los peces y también marcadores genéticos a través de marcadores moleculares, como microsatélites o marcadores. Se pueden utilizar dispositivos electrónicos, como transmisores o etiquetas RFID (identificación por radiofrecuencia), para marcar a los salmones individualmente. 

Es importante desarrollar sistemas que permitan hacer seguimiento automático y en tiempo real de los peces centinela, evitando su manipulación y mejorando la recopilación de datos para analizar el ADN de los salmones.